妻が行方不明の場合でも申請できる？

婚姻中の奥様と連絡が取れない場合には、帰化申請をおこなうことは難しいかと思われます。

帰化申請は、申請する方の意思が一番重要ですが、形式上、婚姻関係が続いている以上、配偶者が国籍を変えると、帰化後に作成する戸籍が一緒になり、奥様の同意・協力が不可欠だからです。

婚姻関係を続ける場合には、奥様が協力できる状態となってから申請し、そうでない場合には、離婚をしてから申請することになるかと思われます。